O estabelecimento do primitivo núcleo do município remonta ao contexto da conquista da foz do rio Amazonas, à época da Dinastia Filipina, por forças luso espanholas sob o comando do capitão Francisco Caldeira Castelo Branco, quando em 12 de Janeiro de 1616 fundou o Forte do Presépio.
A povoação que se formou ao seu redor foi inicialmente denominada de Feliz Lusitânia. Posteriormente foi denominada como Santa Maria do Grão Pará, Santa Maria de Belém do Grão Pará, até a atual denominação de Belém. Belém foi a primeira capital da Amazônia. Nesse periodo ao lado da atividade da coleta das chamadas Drogas do Sertão a economia era baseada na agricultura de subsistência, complementada por uma pequena atividade pecuária e pela pesca praticada por pequenos produtores que habitavam, principalmente, na ilha do Marajó e na ilha de Vigia. Distante dos núcleos decisórios das regiões Nordeste e Sudeste do Brasil e fortemente ligada a Portugal, Belém reconheceu a Independência do Brasil apenas a 15 de Agosto de 1823, quase um ano após a sua proclamação.
